The Gene Ontology as a language: Investigating Gene Ontology annotations with Ziph’s law

Un envoi de Marc Robinson, lors d’un échange bio-informatique, médecine, humanités digitales.

Claire Clivaz

Claire Clivaz is Head of Digital Enhanced Learning at the Swiss Institute of Bioinformatics (VITAL-IT, Lausanne, CH) and belongs to an interdisciplinary team that started the Digital Humanities in Switzerland since 2011. She is also a member of the LADHUL (www.unil.ch/ladhul). This blog assumes to developp opinions and discussions on all the events and problematics around the Digital Humanities, particularly in the French speaking aerea. Claire Clivaz est Head of Digital Enhanced Learning à l'Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne, CH) et appartient à une équipe interdisciplinaire qui a lancé les Humanités Digitales en Suisse depuis 2011. Elle est membre du Ladhul (www.unil.ch/ladhul). Ce blog se propose de présenter et développer des sujets de discussions sur les événements et problématiques touchant aux Humanités Digitales, notamment dans l’ère linguistique et culturelle francophone.

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What does it mean a “fundamental research question” in DH?

Scholars reluctant to the DH scholarship often say: “OK… you build tools, you are able to deal with a huge amount of data, and what? What is the purpose? What do you get as new ideas, results?”. As far as I can see today, I guess that “fundamental research questions” are coming very often at a second time in the DH approach, by nature one can say, as I will argue.

With a lot of various scholars, I am also frustrated to see so often “fundamental research questions” apparently omitted. For example, I was this afternoon to a DH short paper here in Hamburg on “Experiments in Digital Philosophy” by Lou Bernard. The paper did not offer a word about a fundamental question in philosophy, but only questions regarding TEI encoding of texts and new ways to observe the academic production. Such a phenomenon occurs often in the DH papers. Why?

In May, an Harvard Magazine article clearly explained that “Scholars traditionally begin projects by figuring out what the good research questions are in a given field, and connecting with others interested in the same topics; they then gather and organize data; then analyze it; and finally, disseminate their findings through teaching or publication. Scholarship in a digital environment raises questions about every aspect of this process. For example, in gathering and organizing data”.

Digital Humanities are Humanities «made with the fingers», the «digitus» in Latin. Scholars have begun with a «Homo Faber» step in the DH scholarship, by litteraly «making» them. I am not arguing that it is good or not: it is the present situation. We are facing now a lot, a lot of diverse tools, particularly in the field of history, timelines and cartography representations, but we have got also a lot of diverse tools to analyze textuality. But – at a certain point – that’s logical.

Indeed, as the example developed by Debbie Rabina and Anthony Cocciolo this morning in their short paper shows, user research and user interaction can preceed and lead to theory and Humanities Content research (see the pattern below).

That’s the point: Humanities made with the fingers – Digital Humanities – open next to the research on the content and to reconsider then the produced tools again.

Claire Clivaz

Claire Clivaz is Head of Digital Enhanced Learning at the Swiss Institute of Bioinformatics (VITAL-IT, Lausanne, CH) and belongs to an interdisciplinary team that started the Digital Humanities in Switzerland since 2011. She is also a member of the LADHUL (www.unil.ch/ladhul). This blog assumes to developp opinions and discussions on all the events and problematics around the Digital Humanities, particularly in the French speaking aerea. Claire Clivaz est Head of Digital Enhanced Learning à l'Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne, CH) et appartient à une équipe interdisciplinaire qui a lancé les Humanités Digitales en Suisse depuis 2011. Elle est membre du Ladhul (www.unil.ch/ladhul). Ce blog se propose de présenter et développer des sujets de discussions sur les événements et problématiques touchant aux Humanités Digitales, notamment dans l’ère linguistique et culturelle francophone.

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Dh 2012 in Hamburg

The DH 2012 in Hamburg has started with a brilliant conference by Claudine Moulin, available here:

http://lecture2go.uni-hamburg.de/konferenzen/-/k/13910

Image

The first two workshop days were like a «caverne d’Ali Baba», with for example a meeting on the tool «Voyant», a funny new way to do literary analysis.

http://voyant-tools.org/

http://hermeneuti.ca/workshops/dh12

Good news: Lausanne (Unil and EPFL) will organize the DH 2014. DH 2013 will happen in Nebraska (16-22 July 2013).

Claire Clivaz

Claire Clivaz is Head of Digital Enhanced Learning at the Swiss Institute of Bioinformatics (VITAL-IT, Lausanne, CH) and belongs to an interdisciplinary team that started the Digital Humanities in Switzerland since 2011. She is also a member of the LADHUL (www.unil.ch/ladhul). This blog assumes to developp opinions and discussions on all the events and problematics around the Digital Humanities, particularly in the French speaking aerea. Claire Clivaz est Head of Digital Enhanced Learning à l'Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne, CH) et appartient à une équipe interdisciplinaire qui a lancé les Humanités Digitales en Suisse depuis 2011. Elle est membre du Ladhul (www.unil.ch/ladhul). Ce blog se propose de présenter et développer des sujets de discussions sur les événements et problématiques touchant aux Humanités Digitales, notamment dans l’ère linguistique et culturelle francophone.

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Switzerland opens DH jobs / Le monde académique suisse ouvre des postes en HD

Ces jours de juillet marquent l’entrée du monde académique suisse dans les Humanités Digitales, avec trois annonces de création de postes:

– Frédéric Kaplan a été nommé professeur en Humanités Digitales à la tête d’un nouveau laboratoire à l’EPFL. C’est la première chaire en Suisse de ce domaine, dès la fin de l’été.

– la Faculté des sciences sociales et politiques (SSP) de l’Université de Lausanne met au concours un poste d’assistant diplômé en HD dès le 1er août 2012, pour conduire un doctorat sur les Humanités Digitales, sous la direction du prof. Dominique Vinck (ISS, SSP)

– la Faculté des Lettres de Berne met au concours un poste de 4 ans de professeur assistant en Humanités Digitales pour l’automne 2013 : http://www.jobs.unibe.ch/detail.asp?ID=5255&KatID=11

– la Faculté des HEC de l’Université de Lausanne aura un poste en informatique de professeur en Humanités Digitales à la rentrée 2014 (plateforme P2i)

Quelle effervescence! Voici la page d’information RTS pour le poste de l’EPFL:

http://www.rts.ch/info/sciences-tech/4139907-frederic-kaplan-a-la-tete-des-humanites-digitales-de-l-epfl.html

Claire Clivaz

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Pinterest

Pinterest, vous connaissez?

Ce tableau géant où il s’agit «d’épingler» (to pin) des images est en passe de devenir le 3ème réseau social derrière Facebook et Twitter chez nos voisins des USA, alors même qu’il n’existe encore qu’en version béta test (sur inscription).

http://pinterest.com/

C’est la revanche de l’image sur le texte qui ne survit plus qu’à l’état de commentaire! De manière ciblée, l’image exprime un contenu de manière ramassée, autrement que le texte. C’est la «littératie» plurielle à l’oeuvre: il ne manque plus que de pouvoir ajouter de la musique ou enregistrer le commentaire pour que l’oralité soit de la partie.

Voici la version «épinglée» de ce blog:

http://pinterest.com/pin/151363237446838972/

A vos «pins»d’été!

Claire Clivaz

Claire Clivaz is Head of Digital Enhanced Learning at the Swiss Institute of Bioinformatics (VITAL-IT, Lausanne, CH) and belongs to an interdisciplinary team that started the Digital Humanities in Switzerland since 2011. She is also a member of the LADHUL (www.unil.ch/ladhul). This blog assumes to developp opinions and discussions on all the events and problematics around the Digital Humanities, particularly in the French speaking aerea. Claire Clivaz est Head of Digital Enhanced Learning à l'Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne, CH) et appartient à une équipe interdisciplinaire qui a lancé les Humanités Digitales en Suisse depuis 2011. Elle est membre du Ladhul (www.unil.ch/ladhul). Ce blog se propose de présenter et développer des sujets de discussions sur les événements et problématiques touchant aux Humanités Digitales, notamment dans l’ère linguistique et culturelle francophone.

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Les «Born Digital» sont là

A l’évidence, la création de la culture digitale va prendre un tournant de plus en plus prononcé au fur et à mesure que la génération des «born digital» arrive. Ce sont ces jeunes qui dès l’enfance auront découvert l’accès à la culture et au monde via l’écran informatique, et dont le nom a été popularisé par l’ouvrage de John Paffrey et Urs Gasser (Born Digital, 2010).

C’est le cas d’Amanda Visconti, qui sur son blog affiche une photo d’elle enfant derrière l’ordinateur:Image

Cette jeune américaine vient de recevoir une «micro-bourse» de l’Association for Computers and the Humanities. En utilisant la plateforme de visualisation interactive GEPHI, elle permet de voir le flux des auteurs cité dans la revue Digital Humanities Quarterly.

Image

Entre la génération qui ne lâchera pas le livre papier et celle qui ne pourra plus penser autrement qu’en associant oral, visuel et écrit, la génération des quarantenaires occupe le rôle ardu mais décisif d’assurer malgré tout la transmission culturelle, par-delà la mutation complète de son support d’expression. Reste à savoir si cette génération saura être le héro d’une aventure qu’elle n’a pas consciemment choisie…

Claire Clivaz

Claire Clivaz is Head of Digital Enhanced Learning at the Swiss Institute of Bioinformatics (VITAL-IT, Lausanne, CH) and belongs to an interdisciplinary team that started the Digital Humanities in Switzerland since 2011. She is also a member of the LADHUL (www.unil.ch/ladhul). This blog assumes to developp opinions and discussions on all the events and problematics around the Digital Humanities, particularly in the French speaking aerea. Claire Clivaz est Head of Digital Enhanced Learning à l'Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne, CH) et appartient à une équipe interdisciplinaire qui a lancé les Humanités Digitales en Suisse depuis 2011. Elle est membre du Ladhul (www.unil.ch/ladhul). Ce blog se propose de présenter et développer des sujets de discussions sur les événements et problématiques touchant aux Humanités Digitales, notamment dans l’ère linguistique et culturelle francophone.

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